横浜FCの加入／退団／引退／昇格選手は以下の通り。※情報は9月11日時点
2025シーズン
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IN
| 日付 | 位置 | 選手 | 前所属 | 備考 |
| 2025/7/31 | FW | アダイウトン | クルーべ・ド・レモ（ブラジル） | 完全移籍 |
| 2025/7/15 | MF | 窪田稜 | 愛媛FC | 完全移籍 |
| 2025/7/15 | FW | 宮田和純 | UDオリヴェイレンセ（ポルトガル） | 期限付き移籍より復帰 |
| 2025/7/14 | GK | ヤクブ・スウォビィク | コンヤスポル（トルコ） | 完全移籍 |
| 2025/7/11 | MF | 髙江麗央 | モンテディオ山形 | 完全移籍 |
| 2025/3/26 | FW | ルキアン | 湘南ベルマーレ | 完全移籍 |
| 2025/3/21 | Gk | 石井僚 | ザスパ群馬 | 完全移籍 |
| 2025/3/3 | MF | 山田康太 | ガンバ大阪 | 完全移籍 |
| 2025/1/6 | FW | 鈴木武蔵 | ガンバ大阪 | 完全移籍 |
| 2025/1/5 | MF | 中野嘉大 | 湘南ベルマーレ | 完全移籍 |
| 2024/12/30 | MF | 駒井善成 | 北海道コンサドーレ札幌 | 完全移籍 |
| 2024/12/29 | DF | 福森晃斗 | 北海道コンサドーレ札幌 | 期限付き移籍期間延長 |
| 2024/12/29 | DF | ヴァンイヤーデン・ショーン | Y.S.C.C.横浜 | 育成型期限付き移籍期間満了により復帰 |
| 2024/12/26 | DF | 秦樹 | 横浜FCユース | 昇格 |
| 2024/12/25 | DF | 伊藤槙人 | ジュビロ磐田 | 完全移籍 |
| 2024/12/23 | DF | 山﨑浩介 | サガン鳥栖 | 完全移籍 |
| 2024/12/17 | DF | 鈴木準弥 | FC町田ゼルビア | 完全移籍 |
| 2024/12/16 | DF | 新保海鈴 | レノファ山口FC | 完全移籍 |
| 2024/12/16 | GK | 渋谷飛翔 | ヴァンフォーレ甲府 | 完全移籍 |
| 2024/8/29 | FW | 前田勘太朗 | 横浜FCユース | 昇格 |
| 2024/7/19 | DF | 熊倉弘貴 | 日本大学 | 新加入 |
| 2024/7/10 | MF | 遠藤貴成 | 桐蔭横浜大学 | 新加入 |
| 2024/5/29 | FW | 駒沢直哉 | 早稲田大学 | 新加入 |
OUT
| 日付 | 位置 | 選手 | 移籍先 | 備考 |
| 2025/9/11 | DF | ヴァンイヤーデン・ショーン | ガイナーレ鳥取 | 育成型期限付き移籍 |
| 2025/8/7 | FW | 小川慶治朗 | カターレ富山 | 完全移籍 |
| 2025/7/26 | GK | 遠藤雅己 | 奈良クラブ | 期限付き移籍 |
| 2025/7/25 | MF | 新井瑞希 | 水戸ホーリーホック | 完全移籍 |
| 2025/7/24 | MF | 渋谷飛翔 | モンテディオ山形 | 期限付き移籍 |
| 2025/7/14 | MF | 高橋友矢 | UDオリヴェイレンセ（ポルトガル） | 期限付き移籍期間延長 |
| 2025/7/11 | MF | 永田滉太朗 | ポルト（ポルトガル） | 完全移籍 |
| 2025/6/29 | FW | ミシェル・リマ | プラチュワップFC（タイ・リーグ1） | 完全移籍 |
| 2025/6/27 | FW | 森海渡 | ジェフユナイテッド千葉 | 期限付き移籍 |
| 2025/6/23 | FW | 駒沢直哉 | ギラヴァンツ北九州 | 育成型期限付き移籍 |
| 2025/6/9 | MF | 宇田光史朗 | レイラック滋賀FC | 育成型期限付き移籍 |
| 2025/2/14 | DF | 橋本丈 | VONDS市原FC | 完全移籍 |
| 2025/2/6 | MF | 三田啓貴 | オリヴェイレンセ（ポルトガル） | 完全移籍 |
| 2025/1/8 | MF | 清水悠斗 | 横河武蔵野FC | 育成型期限付き移籍 |
| 2025/1/6 | MF | 井上潮音 | サンフレッチェ広島 | 完全移籍 |
| 2025/1/4 | DF | 杉田隼 | 松本山雅FC | 育成型期限付き移籍 |
| 2025/1/4 | FW | カプリーニ | RB大宮アルディージャ | 完全移籍 |
| 2024/12/29 | DF | 松下衣舞希 | FC徳島 | 育成型期限付き移籍 |
| 2024/11/28 | GK | 六反勇治 | 藤枝MYFC | 完全移籍 |
| 2024/12/28 | GK | 髙橋利樹 | 浦和レッズ | 期限付き移籍期間満了 |
| 2024/12/27 | DF | ガブリエウ | RB大宮アルディージャ | 完全移籍 |
| 2024/12/26 | GK | 永井堅梧 | 清水エスパルス | 期限付き移籍期間満了 |
| 2024/12/25 | DF | 林賢吾 | FCティアモ枚方 | 育成型期限付き移籍 |
| 2024/12/25 | MF | 高塩隼生 | 沖縄SV | 育成型期限付き移籍 |
| 2024/12/20 | DF | 中村拓海 | セレッソ大阪 | 完全移籍 |
| 2024/10/29 | DF | 武田英二郎 | – | 現役引退 |
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