大分トリニータの加入／退団／引退／昇格選手は以下の通り。※情報は9月5日時点
2025シーズン
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| 日付 | 位置 | 選手 | 前所属 | 備考 |
| 2025/9/5 | DF | 岡本拓也 | パース・グローリーFC（オーストラリア） | 完全移籍 |
| 2025/8/7 | MF | 落合陸 | アルビレックス新潟 | 期限付き移籍 |
| 2025/7/27 | DF | 三竿雄斗 | パース・グローリーFC（オーストラリア） | 完全移籍 |
| 2025/6/24 | FW | グレイソン | ファジアーノ岡山 | 完全移籍 |
| 2025/1/4 | MF | 榊原彗悟 | 横浜F・マリノス | 完全移籍 |
| 2024/12/26 | MF | 天笠泰輝 | ザスパ群馬 | 完全移籍 |
| 2024/12/24 | DF | 戸根一誓 | 鹿児島ユナイテッドFC | 完全移籍 |
| 2024/12/23 | GK | 佐藤隼 | ヴェルスパ大分 | 完全移籍 |
| 2024/12/21 | MF | 清武弘嗣 | セレッソ大阪 | 完全移籍 |
| 2024/12/20 | DF | 𠮷田真那斗 | 横浜F・マリノス | 育成型期限付き移籍期間延長 |
| 2024/12/19 | DF | 藤原優大 | 浦和レッズ | 育成型期限付き移籍期間延長 |
| 2024/12/14 | FW | 有馬幸太郎 | いわきFC | 完全移籍 |
| 2024/8/30 | GK | 古野優斗 | 大分トリニータU-18 | 昇格 |
| 2024/6/21 | DF | 宮川歩己 | 順天堂大学 | 新加入 |
| 2024/2/16 | FW | 有働夢叶 | 中京大学 | 新加入 |
OUT
| 日付 | 位置 | 選手 | 移籍先 | 備考 |
| 2025/7/17 | DF | 香川勇気 | カターレ富山 | 完全移籍 |
| 2025/7/9 | MF | 保田堅心 | KRCヘンク（ベルギー） | 期限付き移籍期間延長 |
| 2025/7/7 | FW | 木許太賀 | カマタマーレ讃岐 | 育成型期限付き移籍 |
| 2025/6/8 | FW | キム・ヒョンウ | いわきFC | 期限付き移籍 |
| 2025/2/28 | DF | 小野俊輔 | 富山新庄クラブ | 育成型期限付き移籍 |
| 2025/2/14 | FW | サムエル | グアラニFC（ブラジル） | 完全移籍 |
| 2025/1/8 | MF | 保田堅心 | KRCヘンク（ベルギー） | 期限付き移籍 |
| 2024/12/31 | FW | 渡邉新太 | 水戸ホーリーホック | 完全移籍 |
| 2024/12/30 | FW | 長沢駿 | 京都サンガF.C. | 完全移籍 |
| 2024/12/30 | DF | 羽田健人 | 清水エスパルス | 完全移籍 |
| 2024/12/26 | MF | 髙橋大悟 | FC町田ゼルビア | 期限付き移籍期間満了 |
| 2024/12/26 | MF | 弓場将輝 | 清水エスパルス | 完全移籍 |
| 2024/12/24 | GK | 西川幸之介 | 水戸ホーリーホック | 完全移籍 |
| 2024/12/23 | DF | 安藤智哉 | アビスパ福岡 | 完全移籍 |
| 2024/12/17 | MF | 町田也真人 | ギラヴァンツ北九州 | 完全移籍 |
| 2024/12/10 | DF | 高橋祐翔 | – | 現役引退 |
| 2024/11/11 | MF | 梅崎司 | – | 現役引退 |
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