FC岐阜の加入／退団／引退／昇格選手は以下の通り。※情報は8月21日時点
2025シーズン
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IN
| 日付 | 位置 | 選手 | 前所属 | 備考 |
| 2025/8/20 | FW | ブヴィク・ムシティ・オコ | マルティーグ（フランス） | 完全移籍 |
| 2025/8/7 | FW | 山谷侑士 | ABコペンハーゲン（デンマーク） | 完全移籍 |
| 2025/8/2 | DF | 加藤慎太郎 | ヴァンラーレ八戸 | 期限付き移籍 |
| 2025/7/23 | MF | 福田晃斗 | – | 新加入 |
| 2025/7/16 | FW | 川本梨誉 | ブラウブリッツ秋田 | 期限付き移籍 |
| 2025/5/28 | DF | 平瀬大 | サガン鳥栖 | 期限付き移籍 |
| 2025/4/20 | FW | ウィリアム・トギ | アンカラ・ケチエレンギュジュ（トルコ） | 完全移籍 |
| 2025/3/26 | FW | ドゥドゥ | ジェフユナイテッド市原・千葉 | 完全移籍 |
| 2025/1/6 | MF | 中村仁郎 | ガンバ大阪 | 育成型期限付き移籍 |
| 2025/1/3 | MF | 山田直輝 | 湘南ベルマーレ | 完全移籍 |
| 2025/1/3 | GK | セランテス | FC今治 | 完全移籍 |
| 2024/12/30 | DF | 野澤陸 | ヴァンフォーレ甲府 | 育成型期限付き移籍期間延長 |
| 2024/12/30 | MF | 西谷亮 | 東京ヴェルディ | 育成型期限付き移籍期間延長 |
| 2024/12/30 | FW | オウイエ・ウイリアム | 柏レイソル | 育成型期限付き移籍 |
| 2024/12/30 | DF | 外山凌 | 徳島ヴォルティス | 完全移籍 |
| 2024/12/27 | DF | 寺阪尚悟 | ヴィッセル神戸 | 育成型期限付き移籍期間延長 |
| 2024/12/26 | MF | 泉澤仁 | RB大宮アルディージャ | 完全移籍 |
| 2024/12/26 | MF | 井川空 | ファジアーノ岡山 | 完全移籍 |
| 2024/12/16 | DF | キム・ユゴン | FCソウルU-18 | 新加入 |
| 2024/12/11 | FW | 佐々木快 | ヴァンラーレ八戸 | 完全移籍 |
| 2024/11/27 | DF | 大串昇平 | 京都産業大学 | 新加入 |
| 2024/11/25 | GK | 山口畝良 | 中京大学 | 新加入 |
| 2024/10/24 | MF | 箱崎達也 | 大阪学院大学 | 新加入 |
| 2024/9/6 | FW | 長井結矢 | 中部大学 | 新加入 |
OUT
| 日付 | 位置 | 選手 | 移籍先 | 備考 |
| 2025/8/21 | FW | 佐々木快 | ヴァンラーレ八戸 | 完全移籍 |
| 2025/8/20 | FW | 粟飯原尚平 | 水戸ホーリーホック | 完全移籍 |
| 2025/2/7 | DF | 小川真輝 | Y.S.C.C.横浜 | 完全移籍 |
| 2024/2/1 | MF | 青木拓矢 | – | 現役引退 |
| 2025/1/27 | FW | イ・ヨンジェ | – | 現役引退 |
| 2025/1/13 | FW | 山内寛史 | Y.S.C.C.横浜 | 完全移籍 |
| 2025/1/11 | DF | 遠藤元一 | ラインメール青森 | 完全移籍 |
| 2025/1/8 | MF | 羽田一平 | – | 現役引退 |
| 2025/1/7 | MF | 與那覇航和 | 福井ユナイテッドFC | 期限付き移籍 |
| 2025/1/3 | GK | 林祥太郎 | – | 現役引退 |
| 2025/1/3 | MF | 西堂久俊 | FC東京 | 期限付き移籍期間満了 |
| 2024/12/30 | FW | 楠本羽翼 | FC.ISE-SHIMA | 完全移籍 |
| 2024/12/30 | DF | 和田侑樹 | FC.ISE-SHIMA | 完全移籍 |
| 2024/12/30 | FW | 河波櫻士 | サガン鳥栖 | 期限付き移籍期間満了 |
| 2024/12/30 | MF | 石坂亮人 | FC刈谷 | 完全移籍 |
| 2024/12/27 | GK | 上田智輝 | 福島ユナイテッドFC | 完全移籍 |
| 2024/12/27 | FW | 上野輝人 | カマタマーレ讃岐 | 完全移籍 |
| 2024/12/26 | MF | 川上竜 | FC大阪 | 完全移籍 |
| 2024/12/23 | FW | 藤岡浩介 | FC今治 | 完全移籍 |
| 2024/12/11 | GK | 中山開帆 | 水戸ホーリーホック | 期限付き移籍期間満了 |
| 2024/12/9 | MF | 新垣貴之 | モンテディオ山形 | 期限付き移籍期間満了 |
| 2024/12/3 | DF | 小川真輝 | Y.S.C.C.横浜 | 完全移籍 |
| 2024/12/3 | MF | 水野泰輔 | 藤枝MYFC | 期限付き移籍期間満了 |
| 2024/12/3 | DF | 岡崎慎 | ロアッソ熊本 | 期限付き移籍期間満了 |
| 2024/11/12 | MF | 庄司悦大 | – | 現役引退 |
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