FC東京の加入／退団／引退／昇格選手は以下の通り。※情報は8月21日時点
2025シーズン
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IN
| 日付 | 位置 | 選手 | 前所属 | 備考 |
| 2025/8/21 | MF | マルコス・ギリェルメ | V・ファーレン長崎 | 期限付き移籍移籍 |
| 2025/6/12 | DF | アレクサンダー・ショルツ | アル・ワクラ（カタール） | 完全移籍 |
| 2025/6/7 | GK | キム・スンギュ | アル・シャバブ・サウジ（サウジアラビア） | 完全移籍 |
| 2025/6/7 | FW | 長倉幹樹 | 浦和レッズ | 期限付き移籍 |
| 2025/5/23 | DF | 室屋成 | ハノーファー（ドイツ） | 完全移籍 |
| 2025/1/28 | FW | 佐藤恵允 | ブレーメン（ドイツ） | 完全移籍 |
| 2025/1/9 | MF | 橋本拳人 | エイバル（スペイン） | 完全移籍 |
| 2025/1/9 | FW | 西堂久俊 | FC岐阜 | 期限付き移籍期間満了により復帰 |
| 2025/1/9 | FW | 荒井悠汰 | カターレ富山 | 期限付き移籍期間満了により復帰 |
| 2025/1/8 | DF | ペク・インファン | ツエーゲン金沢 | 期限付き移籍期間満了により復帰 |
| 2025/1/7 | MF | 塚川孝輝 | 京都サンガF.C. | 期限付き移籍期間満了により復帰 |
| 2025/1/5 | MF | 荒井悠汰 | カターレ富山 | 育成型期限付き移籍期間満了により復帰 |
| 2025/1/5 | FW | 木村誠二 | サガン鳥栖 | 期限付き移籍期間満了により復帰 |
| 2025/1/5 | FW | エヴェルトン・ガウディーノ | グレミオ（ブラジル） | 完全移籍 |
| 2025/1/4 | FW | マルセロ・ヒアン | サガン鳥栖 | 期限付き移籍 |
| 2024/12/30 | MF | 寺山翼 | サガン鳥栖 | 期限付き移籍期間満了により復帰 |
| 2024/8/16 | FW | 山口太陽 | FC東京U-18 | 昇格 |
| 2024/7/19 | DF | 永野修都 | FC東京U-18 | 昇格 |
| 2024/5/20 | GK | 後藤亘 | FC東京U-18 | 昇格 |
| 2024/5/13 | MF | 常盤亨太 | 明治大学 | 新加入 |
OUT
| 日付 | 位置 | 選手 | 移籍先 | 備考 |
| 2025/8/8 | DF | 木村誠二 | KVCウェステルロー（ベルギー） | 完全移籍 |
| 2025/8/7 | MF | 西堂久俊 | レノファ山口FC | 期限付き移籍 |
| 2025/8/5 | DF | 木本恭生 | サガン鳥栖 | 期限付き移籍 |
| 2025/7/24 | MF | 寺山翼 | モンテディオ山形 | 期限付き移籍 |
| 2025/6/26 | GK | 野澤大志ブランドン | ロイヤル アントワープFC（ベルギー） | 完全移籍 |
| 2025/6/20 | DF | ペク・インファン | 忠南牙山FC（韓国） | 完全移籍 |
| 2025/6/10 | MF | 塚川孝輝 | 水戸ホーリーホック | 期限付き移籍 |
| 2025/2/11 | GK | 児玉剛 | 名古屋グランパス | 完全移籍 |
| 2025/1/17 | MF | ジャジャ・シルバ | ポルトゲーザ（ブラジル） | 完全移籍 |
| 2025/1/7 | MF | 佐藤龍之介 | ファジアーノ岡山 | 育成型期限付き移籍 |
| 2025/1/7 | DF | 永野修都 | ガイナーレ鳥取 | 育成型期限付き移籍 |
| 2025/1/6 | MF | 原川力 | 柏レイソル | 完全移籍 |
| 2025/1/5 | MF | 荒木遼太郎 | 鹿島アントラーズ | 期限付き移籍期間満了 |
| 2024/12/30 | DF | 徳元悠平 | 名古屋グランパス | 完全移籍 |
| 2024/12/30 | DF | 蓮川壮大 | 清水エスパルス | 完全移籍 |
| 2024/12/30 | DF | 中村帆高 | FC町田ゼルビア | 完全移籍 |
| 2024/12/28 | DF | 岡庭愁人 | レノファ山口FC | 期限付き移籍 |
| 2024/12/26 | FW | 熊田直紀 | いわきFC | 育成型期限付き移籍期間延長 |
| 2024/12/25 | MF | 品田愛斗 | ジェフユナイテッド千葉 | 完全移籍 |
| 2024/12/24 | DF | 大森理生 | FC今治 | 育成型期限付き移籍 |
| 2024/12/24 | MF | 梶浦勇輝 | FC今治 | 育成型期限付き移籍 |
| 2024/12/14 | DF | 東廉太 | ギラヴァンツ北九州 | 育成型期限付き移籍 |
| 2024/11/28 | FW | ディエゴ・オリヴェイラ | – | 現役引退 |
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