複雑な昇・降格のルール

　昇・降格については、1位クラブがJ2最下位と入れ替わりで自動昇格し、2位クラブがJ2の21位クラブとホーム＆アウェイで入れ替え戦を行う。また、J3からの降格は行わない。

　そして、エントリー事項と入れ替え戦がリンクしていることで、より複雑なレギュレーションとなっている。J2の21位クラブのホームで開催される試合に関しては、J2のレギュレーションで行うため、ベンチ入り7人の計18人がエントリー可能で、交代枠は3人。外国籍選手に関しても、従来の3人+アジア枠1人+提携国枠1人の計5人がエントリーできる。

　逆にJ3の2位クラブのホームゲームでは、前述のレギュレーションで行われるため、ホームとアウェイの有利・不利がより大きくなる。J2クラブは、ホームではJ3クラブより多くの外国籍選手を起用することができ、J3クラブが大きく不利となってしまう。また、J3クラブのホームでは、J2クラブが主力の外国籍選手を起用できないなど問題が生じる可能性が高い。

　なお、U-22選抜はJ2への昇格対象外となっているため、U-22選抜が1位もしくは2位に入った場合は繰り上げとなる。

　また、J2クラブライセンスを持たないチームについても昇格の対象外と見なされる。このJ2クラブライセンスを持たないチームが1位もしくは2位に入った場合は繰り上げを行わず、1位に入った場合は2位の入れ替え戦のみ開催。

2位に入った場合は入れ替え戦を開催せず、1位のみ自動昇格で、1位・2位ともに入った場合は昇格クラブなしとなる。しかし、現時点でJ2クラブライセンスを取得しているのは町田ゼルビア、ツエーゲン金沢、ガイナーレ鳥取の3クラブのみ。