2006年：クラブ史上最高の2位、そして日本代表へ［Challenge the Future］
2006シーズンの基本先発メンバー
【リーグ戦成績】
34試合出場10得点（J1）
フロンターレに攻撃的なイメージが定着し始めたのはこの頃か。J1昇格2年目となった2006年、終盤に調子を落として初優勝こそ逃したものの、リーグ最多84得点を奪って過去最高の2位に躍進した。もちろん、その中心には中村がいた。
ジュニーニョと我那覇和樹がそれぞれ20得点と18得点。中村はキャリアハイのリーグ戦10得点を挙げ、相方の谷口博之も13得点とボランチコンビが揃って二桁得点を奪い、ともにフロンターレからは初となるJリーグベストイレブンにも選出された。4人の二桁得点者が並び立つチームはそうそう見られるものではない。
そして、このシーズンのフロンターレでの活躍が認められて、中村はドイツワールドカップ後にイビチャ・オシム監督から日本代表初招集を受ける。2006年10月4日のガーナ戦でA代表デビューを飾り、同月11日のインド戦で代表初得点も記録した。
2006年はフロンターレの進歩とともに、中村の選手としての飛躍的な成長が外部からの評価にも反映された象徴的なシーズンとなった。
●2006シーズンの基本先発メンバー
▽GK
吉原慎也
▽DF
箕輪義信
寺田周平
伊藤宏樹
▽MF
森勇介
中村憲剛
谷口博之
マルコン
マギヌン
▽FW
我那覇和樹
ジュニーニョ
